Estragon je důležité koření francouzské kuchyně, kde se přidává k sýrům, do listových salátů, vaječných pokrmů (i omelet), ke kuřatům a rybám, k přichucení hořčice a salátových zálivek, pomazánek (např. rozetřený s máslem). Delší tepelná úprava ubírá estragonu na chuti, proto je lépe jej přidat až ke konci. Estragon se tradičně používá k aromatizaci octa. Do lahve octa přidáme větvičku nebo lžíci estragonu.